Við tollflokkun er notast við alþjóðlegt flokkunarkerfi yfir vörur sem notað er í um 150 löndum. Flokkunarkerfið heitir á ensku "Harmonised System" (HS) og segja má að það sé eins konar alþjóðlegt tungumál um vörur. Íslenska tollskráin er byggð upp samkvæmt HS-flokkunarkerfinu. Það þýðir að fyrstu sex tölustafirnir í íslensku tollnúmeri vöru, sk. HS-númer, eru þeir sömu og í tollnúmeri sömu vöru í öðrum löndum sem nota HS-flokkunarkerfið. Það getur því flýtt fyrir leit í erlendum tollskrám að þekkja íslenskt tollnúmer vöru.
Almennar leiðbeiningar um tollflokkun vöru á vef Tollstjórans í Reykjavík
Mikilvægt er að vara sé rétt flokkuð rétt því tollmeðferð hennar ræðst af því undir hvaða tollnúmer hún fellur. Þannig er það mismunandi eftir tollnúmerum hvort og þá hve hár tollur er lagður á vöruna og hvort t.d. einhverjar takmarkanir eru á innflutningi hennar.
Framleiðandi getur að vissu marki haft áhrif á flokkunina. Þannig flokkast pizza í vörulið 1905 ef hún inniheldur ekki meira en 20% af þyngd sinni af kjöti. Ef kjötinnihald fer yfir þau mörk flokkast pizzan sem kjötvara í 1602. Mikill munur getur verið á tollum og það borgar sig því fyrir framleiðandann að huga að kjötmagninu til að greiða sem lægsta tolla og auka þannig samkeppnishæfni sína.